Danio rerio, comumente conhecido como peixe-zebra, é nativo do Sul da Ásia. Sua distribuição geográfica inclui principalmente países como Índia, Bangladesh, Nepal e Butão. A espécie é predominantemente encontrada nas bacias dos rios Ganges e Brahmaputra.

O peixe-zebra geralmente habita corpos de água doce de movimento lento ou parados, como lagoas, valas e riachos de fluxo lento. As condições ambientais de seu habitat incluem climas tropicais com temperaturas da água variando de 24°C a 28°C. A água é frequentemente turva e contém uma variedade de vegetação submersa.

Danio rerio ocupa o nicho ecológico de um pequeno peixe de água doce em seu habitat nativo. É adaptado para viver em ambientes onde pode encontrar detritos vegetais e pequenos organismos aquáticos para se alimentar. A espécie é bem adaptada para uma vida em águas rasas, onde pode facilmente escapar de predadores e encontrar abrigo entre as plantas aquáticas.