Masiakasaurus knopfleri é conhecido do período do final do Cretáceo e seus fósseis foram descobertos no que hoje é Madagascar. Isso indica que sua região nativa era principalmente a ilha de Madagascar durante este período geológico.

Durante o final do Cretáceo, Madagascar era caracterizada por um clima quente com estações úmidas e secas distintas. O ambiente provavelmente consistia em uma mistura de áreas florestadas e planícies abertas, que eram propícias ao suporte de uma variedade de espécies de dinossauros.

Masiakasaurus knopfleri era um pequeno dinossauro terópode, provavelmente adaptado a um estilo de vida predatório ou de necrófago. Seu nicho ecológico envolvia a alimentação de animais menores e possivelmente de carniça. Os dentes projetados para a frente incomuns sugerem que pode ter tido uma dieta especializada, possivelmente incluindo peixes ou pequenos vertebrados encontrados em seu habitat.