Naegleria fowleri é encontrada em ambientes de água doce e quente em todo o mundo, predominantemente em regiões de clima quente. É comumente relatada nos Estados Unidos, particularmente nos estados do sul, mas também ocorre em outras partes da América do Norte e do Sul, sul da Europa, África, Ásia e Austrália.

Esta espécie prospera em águas doces e mornas, como lagos, rios, fontes termais e piscinas mal mantidas ou não tratadas. A faixa de temperatura ideal para Naegleria fowleri é entre 25°C e 35°C (77°F e 95°F), mas pode sobreviver em temperaturas de água de até 45°C (113°F).

Naegleria fowleri é uma ameba de vida livre que existe em estágios de trofozoíto e cisto. Alimenta-se de bactérias e outros microrganismos na água. Sob condições desfavoráveis, como temperaturas frias ou falta de alimento, pode formar um cisto resistente para sobreviver. A ameba não é tipicamente patogênica, mas pode causar meningoencefalite amebiana primária (MAP) em humanos se a água contaminada entrar pelas passagens nasais.